Pelissä Ninja Time sinun on autettava ninjaa voittamaan tietty etäisyys. Tie, jota pitkin hänen täytyy kulkea, kulkee kuilun läpi ja koostuu tietyillä etäisyyksillä erotetuista laitureista. Sinun on käytettävä erityistä sisäänvedettävää sauvaa siirtyäksesi alustalta toiselle. Kun olet tietyssä paikassa, saat pisteitä Ninja Time -pelissä.