Zoo Mysteriesissä menet kaupungin eläintarhaan. Täällä elää monenlaisia eläimiä, jotka tarvitsevat hoitoa. Tätä varten tarvitset tiettyjä kohteita. Sinun on löydettävä ne paikasta, joka näkyy edessäsi. Kohteiden luettelo näytetään kuvakkeina pelikentän alareunassa olevassa paneelissa. Sinun on tutkittava ne huolellisesti ja löydettävä ne paikasta. Kun ne löytyvät, sinun on valittava ne hiiren napsautuksella. Siten siirrät ne omaan varastoosi ja tästä sinulle annetaan pisteitä Zoo Mysteries -pelissä.