Square Ninja -pelissä yksi ninjaryhmistä tarvitsee apuasi. He omistavat koko elämänsä koulutukseen ja taitojensa parantamiseen, mutta nämäkään kyvyt eivät riitä vaikeimpien tasojen läpäisemiseen. Tehtävänä on päästä avoimelle portille. Käytä hyppyjä hyppääessäsi portaaleihin. Varo maan ulkopuolisia olentoja ja teräksisiä pyörösahoja Square Ninjassa.