Vakoojat ovat asettuneet joka paikkaan, ja agenttisi tehtävänä Mr Spy Shooter 3D:ssä on löytää ja tuhota vihollinen. Tätä varten käytät pienaseita, joissa on rajoittamaton määrä ammuksia. Kaikkia kohteita ei kuitenkaan voida saavuttaa suoraan, joten käytä kimmokkeita tai räjähteitä Mr Spy Shooter 3D:ssä.