Pokemon Battle Labyrinthissa ohjaat Pokemoniasi erityisesti rakennetun labyrintin läpi, jossa se voi hioa taistelutaitojaan. Ohjauksessasi Pokemon liikkuu sokkelon läpi ylittäen erilaisia esteitä ja ansoja sekä keräten erilaisia hyödyllisiä esineitä. Kun olet tavannut vastustajia, sinun on käytettävä sankarin taistelutaitoja tuhotaksesi hänet taistelussa. Heti kun vihollinen kuolee, saat pisteitä Pokemon Battle Labyrinth -pelissä.