Digiteknologian maailmassa loogisesti kaiken pitäisi olla kunnossa, jos virus ei häiritse järjestelmää. Ja juuri niin tapahtui Cyber Subsistissa. Koneet kapinoivat ja pelin sankari joutuu rauhoittamaan niitä aseilla. Jotta et joutuisi itse uhriksi, hallitse sankaria taitavasti.