Pelissä Run Run 3D autat kaveria nimeltä Tom harjoittelemaan juoksua. Edessäsi ruudulla näkyy hahmosi, joka juoksee tiellä vähitellen nopeutuen. Katso tarkkaan näyttöä. Upotus maahan ja erilaisia esteitä ilmaantuu sankarisi tielle. Taitavasti hallitset hahmoa, sinun täytyy juosta esteiden ympäri ja hypätä maan aukkojen yli. Matkalla hahmosi joutuu keräämään kultakolikoita reitin varrella. Näiden kohteiden valinnasta Run Run 3D -pelissä saat pisteitä.