Taikaakatemian opiskelijalla nimeltä Jim on jo arvoltaan Bachelor of Magical Science. Mutta tänään pelissä Magic Stones 2 hänen on läpäistävä maisterintutkinto. Hän sai melko epätavallisen tehtävän ja hänen on työskenneltävä taikakivien kanssa. Autamme sankariamme. Edessämme on lauta, joka on täynnä erivärisiä kiviä. Meidän on siivottava se. Tätä varten sinun on tarkasteltuaan sitä huolellisesti löydettävä paikkoja, joissa liikuttamalla yhtä kiveä mihin tahansa suuntaan voit asettaa ne vähintään kolmen identtisen esineen kohdalle. Heti kun tämä rivi on rivissä, kohteet katoavat näytöltä ja saat pisteitä. Kun olet kerännyt tietyn määrän pisteitä, siirryt seuraavalle tasolle pelissä Magic Stones 2.