Luonnollisen apokalypsin jälkeen joet vuotivat yli rantojensa ja kaupunkien kadut muuttuivat kanaviksi. Täydellinen anarkia on tullut, viranomaiset ovat halvaantuneet, jokaisen on selviydyttävä parhaansa mukaan. Pelin Hydro Storm 2 sankarille ei ole vieras taistelu elämästä. Hän on jo hankkinut nopean vesiskootterin ja on valmis suorittamaan kaikki tehtävät.